Famille des Coronaviridae : Coronavirus ,Rhume, SRAS et MERS-CoV

La famille des virus Coronaviridae englobe un groupe d’agents pathogènes à potentiel zoonotique, comme observé lors de précédentes épidémies de coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère et du coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient. En conséquence, il semble important d’identifier et de documenter les coronavirus dans les réservoirs d’animaux, dont beaucoup ne sont pas caractérisés et peuvent être ratés par des tests de diagnostic plus standard. Une combinaison de technologies de séquençage en profondeur sensibles et d’algorithmes de calcul est essentielle pour la surveillance virale, en particulier pour caractériser des souches virales nouvelles ou apparentées. Ici, nous explorons l’utilisation de domaines de protéine Pfam définis par le modèle de Markov caché (domaines Pfam) codés par de nouvelles séquences comme outil de classification de séquences de Coronaviridae. Les domaines codés sont d’abord utilisés dans un triage pour identifier les séquences potentielles de Coronaviridae, puis traités à l’aide d’une méthode Random Forest pour classer les séquences au niveau du genre Coronaviridae. L’application de cet algorithme sur les génomes de Coronaviridae assemblés à partir de données de séquençage profond agnostiques provenant de la surveillance des chauves-souris et des rats dans la province de Dong Thap (Vietnam) a identifié trente-quatre Alphacoronavirus et onze génomes de Betacoronavirus. Cette collection de génomes de coronavirus de chauve-souris et de rat a fourni des informations essentielles sur la diversité locale des coronavirus et a considérablement augmenté le nombre de génomes complets de coronavirus disponibles chez la chauve-souris et le rat et pourrait faciliter d’autres études moléculaires sur ce groupe de virus.

Classe : Cour de médecine PDF

Module : MALADIES INFECTIEUSES

Type de fichier : PDF

Taille de fichier : 1.4 M B

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